La Microbiología aplicada a la gestión de colecciones en instituciones culturales permite la caracterización cuantitativa y cualitativa de la micobiota fúngica en los ambientes interiores destinados al almacenamiento de las mismas, mediante la aplicación de muestreos de nichos ecológicos importantes para el desarrollo de estos microorganismos bajo condiciones ambientales adecuadas. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar el comportamiento del género Aspergillus en el aire interior y el polvo sedimentado en el depósito documental del Museo Nacional de la Música en época de lluvia y seca para valorar su importancia en el riesgo de biodeterioro fúngico de las colecciones y su posible impacto en la salud del personal que labora en la institución. Se realizaron muestreos aerobiológicos mensuales, mediante el método de sedimentación propuesto por Omeliansky así como muestreos de polvo sedimentado que permitieron conocer el grado de contaminación fúngica del aire así como la concentración asociada al polvo, y evaluar la densidad (DR) y frecuencia (FR) relativa de aparición del género Aspergillus, la identificación de las especies aisladas y el estudio de su poder deteriógeno y potencial patogénico mediante diferentes pruebas bioquímicas. En ambas épocas estudiadas Aspergillus mostró una FR del 100% con una DR superior al 35%, predominando las especies de A. flavus y A.niger, que muestran un elevado potencial biodeteriógeno y patogénico.